ระบบขับเคลื่อนพลังน้ำ
แม้แมงกะพรุนจะได้ชื่อว่าเป็นแพลงก์ตอน – คือใช้ชีวิตล่องลอยตามกระแสน้ำ – แต่พวกมันก็มีความสามารถในการควบคุมทิศทางการเคลื่อนที่ได้เช่นกัน ทั้งซ้ายขวาขึ้นลง แถมบางชนิดยังสามารถว่ายทวนกระแสอ่อนๆ ได้ด้วย โดยเฉพาะแมงกะพรุนกล่องที่มีบันทึกไว้ว่า สามารถว่ายได้ด้วยความเร็วถึง 8 กิโลเมตรต่อชั่วโมง ส่วนแมงกะพรุนพระจันทร์ที่ประจำถิ่นในอ่าวแห่งหนึ่ง ก็มีงานวิจัยพบว่า มันสามารถขี่คลื่นเพื่อกลับเข้าอ่าวในช่วงเวลาที่กระแสน้ำด้านล่างพัดออกจากอ่าวได้
แม้จะเคลื่อนที่ไม่เร็วนัก แต่การเคลื่อนที่ของแมงกะพรุนก็ถือเป็นหนึ่งในระบบขับเคลื่อนที่ทรงประสิทธิภาพที่สุดในอาณาจักรสัตว์ เนื่องจากใช้พลังงานน้อยมากเมื่อเทียบกับแรงขับเคลื่อนที่ได้
พวกมันใช้วิธีขยายและหดกล้ามเนื้อลำตัว พองหนอ-น้ำเข้า ยุบหนอ-น้ำออก เกิดแรงผลักดันตัวมันไปข้างหน้า